JR東海エクスプレス・カードの最大の特徴は、会員専用の予約サービス「エクスプレス予約」である。これは、パソコンまたは携帯電話から、東京駅〜博多駅の東海道新幹線・山陽新幹線各駅間の特急券が年末年始やゴールデンウィークなどの繁忙期においても通常の新幹線特急券よりも安価なe特急券を購入出来、また、通常1回に限定されている乗車変更がe特急券を引き取る以前であれば何度でも可能である。 なお、一般の特急券のような、新幹線⇔在来線特急列車相互間の乗り継ぎ割引制度はない。[1]また、夜行列車や臨時列車など、在来線の列車は予約できない。 ただ、乗車券もセットで予約できるものの、新幹線駅のJR東海・JR西日本の窓口で受け取る必要があるため、東京都区内発・大阪市内発などの形で発券することも出来るが、新幹線停車駅（例・東京駅）と実際の乗車駅（例・新宿駅）の間は別に運賃が必要となる。これを避けるためには、エクスプレス予約で特急券のみを予約・購入し、東京都区内発・名古屋や新大阪への乗車券のみを新宿駅で別に購入するか、自動券売機で購入した短距離乗車券や定期券で、新幹線乗換口の特急券自動券売機に挿入して名古屋や新大阪へ乗り越す（乗車変更。乗車駅（新宿駅からの場合、東京都区内発）からの運賃と乗車券金額の差額を精算する形になる）か、または事前に東京駅や品川駅等に立ち寄る機会があった場合に窓口で発券を行う、等の方法が必要になる。なお、2006年7月22日より、JR西日本エリアでの受取が可能となったため、京都市内・大阪市内・神戸市内発については乗車券とセットで予約する場合でも市内の駅で受け取ることでこの問題が解消した。逆に、北九州市内・福岡市内発ではJR九州各駅からの利用客の場合に、岡山発ではJR四国各駅からの利用客の場合に、前記のような問題・対策が発生することになる。[2] なお、これ以外にも東海道新幹線では「ひかり」全列車と乗車駅を午前6時台に出発する「のぞみ」と「こだま」全列車のうちグリーン車と、山陽新幹線では全区間を直通する全列車で利用できる「エクスプレス早特」もある。こちらは特急券と乗車券はセットになっている。 2006年7月22日より、西日本旅客鉄道（JR西日本）のJ-WESTカードとの相互利用が開始された。 また、現在電話センター経由でJR全線の乗車券、特急券がカード決済で購入できて、窓口や指定席券売機で受け取ることが出来ているが、2006年8月末に廃止される。これにより元々電話、インターネット予約を行っていないJR四国に次いで自社で在来線特急の電話・インターネット予約サービスを実施しないJR旅客会社となる（サイバーステーションの予約を除く）。